El 8 de abril de 1730 los jesuitas Nicolás Tamaral y José Echeverría establecieron esta misión junto al estero, pero poco después decidieron cambiar la ubicación por considerarla insalubre. La misión logró bautizar a 1,034 pericués, pero en 1733 se rebelaron ante los misioneros iniciando una guerra que duró hasta 1737. 

En 1822 un grupo de insurgentes chilenos atacaron el templo dejándola con severos daños, por lo que en 1940 se decidió construir la iglesia actual.

Junto a la Misión San José del Cabo se encuentra una encantadora plaza central rodeada de árboles, un kiosco, un anfiteatro al aire libre y restaurantes, joyerías y las galerías de arte. Se llama así en honor al teniente Antonio Mijares que defendió el territorio mexicano en 1847 durante la invasión norteamericana.

Todos los jueves se lleva a cabo en el centro de San José, el Paseo del Arte, que junto con la acogedora arquitectura, se ha convertido en un Distrito del Arte donde se pueden encontrar obras de cualquier parte del mundo, pero principalmente creaciones locales y de arte tradicional mexicano.

Un centro comercial al aire libre donde se puede encontrar todo tipo de recuerdos de alta calidad, así como arte huichol, sombreros, joyería de oro y plata, tequila y adornos típicos mexicanos.

Es un espacio creado para apoyar a los agricultores locales, se puede encontrar alimentos de la región, pero también podrás encontrar textiles, fotografía, pintura y música.

• Las Palmas: Considerada la principal del lugar por su cercanía al centro.
• Costa Azul: Por su fuerte oleaje es perfecta para practicar o tomar clases de surf.
• Acapulquito: Tiene hermosas vistas pero no es recomendable nadar aquí por sus corrientes y olas intensas.
• Palmilla: Es la más alejada, pero es muy fácil llegar; ya que se puede tomar el autobús Ruta del Desierto. Como no hay restaurantes ni servicios, es muy tranquila.

Es la única laguna de agua dulce en Cabo; ayuda a la regulación y estabilidad del clima, controla y regula la salinidad en los mantos acuíferos y la conservación de flora y fauna que alberga. Es un Área Natural Protegida desde 1994 y decretada como sitio Ramsar por la UNESCO (conservación y uso racional de los humedales). 

Es posible visitarlo caminando, en bicicleta o en paseos a caballo para impresionarse con la belleza y la cantidad de animales que viven libremente en este lugar.

Tiene una altura aproximada de 180 metros y se ha vuelto muy popular entre los deportistas para caminar, correr, practicar bici de montaña o tomar hermosas fotografías del amanecer o atardecer. El recorrido completo (ida y vuelta) dura una hora aproximadamente y es el mejor mirador para observar San José del Cabo.